順天堂の歴史は、始祖の佐藤泰然（1804〜1872）が天保9年（1838）に両国橋の薬研堀に蘭学塾を開いたのに始まり、その後、新たに佐倉の地に塾を開いて順天堂と号したのが天保14年（1843）のことです。

順天堂塾は、緒方洪庵の適塾とともに幕末における蘭学塾の双璧といわれましたが、江戸時代の順天堂の診察料を示した料金表に眼科の診察代がいくらと出ていることからも、当時、既に眼科の診療もしていたと考えられます。

第二代の佐藤尚中が、御茶ノ水に順天堂医院を開院したのは、明治8年（1875）であり、明治19年（1886）には佐藤佐によって眼科専門の診療が始められました。

昭和18年に佐藤勉が初代教授に就任し、近視眼や乱視眼に対して角膜前後面切開を行い、この研究は今日の屈折矯正手術に大きな影響を与えました。

更に昭和27年にはアメリカで開発されたコンタクトレンズをわが国で最初に導入し、昭和35年に教授に就任した中島章は、眼球銀行協会の設立にも努力し、昭和38年わが国で最初に順天堂アイバンクが許可されました。

平成元年に金井淳が教授に就任し、研究テーマは角膜や網膜疾患の分子遺伝学的研究、免疫抑制剤の点眼への応用とアレルギー疾患への研究、エキシマレーザーによる屈折矯正手術、コンタクトレンズ、スポーツ眼科など多岐に亘っています。

そして、平成15年1月に村上晶が教授に就任し、現在の新しい眼科学教室がスタートしました。

関連する附属病院としては、御茶ノ水の順天堂医院の他に順天堂浦安病院【千葉県浦安市：田中稔教授】、静岡病院（旧順天堂伊豆長岡病院）【静岡県伊豆の国市長岡：太田俊彦臨床助教授】があり、附属病院にて年間約5,000件の内眼手術を行っております。

他の附属病院としては、順天堂東京江東高齢者医療センターと、平成17年7月東京都練馬区に開院いたしました練馬病院があります。

現在、順天堂医院は村上晶教授、海老原伸行先任准教授、河野博之准教授、土至田宏准教授、藤巻拓郎准教授、中谷智講師をはじめ、助手12名、専攻生1名、大学院生3名、非常勤医師34名、常勤ORT12名で診療にあたっております。