教室紹介、スタッフ紹介、利用・施設案内等、順天堂大学大学院 生体分子研究室に関する様々な情報をご案内します。

●CE-MS（Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry）
Agilent 6530　(Agilent Technologies)：
キャピラリー電気泳動 (CE) で短い分析時間と高い分離効率を実現しながら、高速液体クロマトグラフィー (HPLC) で分離分析が困難である、親水性低分子（分子量1000以下）のイオン性代謝物の一斉分析が可能です。ダイナミックな代謝パターン変化を理解するのに重要な一次代謝産物である、解糖系、TCA回路、ペントースリン酸経路に関連する代謝物および、アミノ酸、ヌクレオチドといったライフサイエンス分野のメタボローム解析において重要となる代謝物を中心とした110種の代謝物の分析が可能です。

●LC-MS（Liquid Chromatography - Mass Spectrometry）
① OrbiTrap Eclipse Tribrid（Thermo Fisher Scientific)：
3種類の異なるマスアナライザー（四重極、Orbitrap、リニアイオントラップ）を連携したトライブリッドタイプの質量分析計です。さらに、イオンのフラグメンテーション手法も5種類（CID, HCD, ETD, UVPD, EThcd）備わっており、タンパク質の翻訳後修飾解析や高分子タンパク質の分析に有用です。
従来の質量分析計よりも多くの微量タンパク質を確実に同定する事が出来、ラベルフリーまたはTMTを用いたRTS-MS法による定量分析も可能となっています。また、低分子の探索、プロファイリングおよび定量を高い選択性と感度で行う事が可能です。

② TripleTOF 5600（AB SCIEX）：
タンパク質同定、網羅的な定性検索、迅速なプロファイリング、また、SWATH^TM Acquisition with MS/MS^ALLによりデータインディペンデントにプロテオーム全体を包括的に定量化できます。 SWATHは、単一の分析でサンプルに含まれるほぼすべてのペプチドとタンパク質を定量化する画期的な質量分析ベースのプロテオミクステクニックです。取得されたデータから、選択反応モニタリング（SRM）と同様の手法で、各対象ペプチドの高分解能フラグメントイオンクロマトグラムを抽出して対象ペプチドを集合的に特定できます。高分解能定量と定性が同時に行え、網羅的定量が可能となります。したがって、タンパク質同定から発現解析、定量分析に至るまで、プロテオミクス解析が迅速に行えます。

③ LTQ orbitrap XL ETD（Thermo Fisher Scientific）：
リニアイオントラップ（LTQ）と電場型フーリエ変換質量分析機構（Orbitrap）の２つの分析部からなるハイブリッド質量分析システムで、高分解能、高い質量精度で分析できます。各種有機化合物の精密質量分析、プロテオミクス、タンパク質の翻訳後修飾解析等の分析、また、 ETD（電子移動解離：質量分析計におけるイオンのフラグメンテーション手法の一つ）を搭載しており、長いペプチドまたはタンパク質全体のフラグメンテーション、リン酸化や糖鎖といった翻訳後修飾の解析に有用です。

③ Vion IMS QTof（Waters）：
高分解能ハイブリッド型質量分析とイオンモビリティー分離テクノロジーを融合したベンチトップ型 IMS QTof 質量分析計です。網羅的なノンターゲット分析が可能で、液体クロマトグラフィーによる分離に加え、イオンモビリティーによりイオンをそれぞれの形状、質量、および電荷により互いに分離することで、分離結果として新たな分離の軸（４次元データ）が加わります。イオンモビリティーの選択性により、スペクトル品質が大きく向上し、クロマトグラフィーにおいて重なる成分ピークやバックグラウンドの干渉から各成分のスペクトルが識別可能となり、すべての成分における MS スペクトルが視覚的に明確化され、確信できる化合物の特性解析を行うことができます。対象の化合物を限定しない網羅的解析が出来る事から、リピドミクス解析や未知分子の探索に有用です。

●Ettan DIGE（Cytiva）：
Ettan DIGEは、2D DIGE（蛍光標識二次元ディファレンスゲル電気泳動）技術を用いたタンパク質発現差異解析システムです。複数のタンパク質サンプルを1枚のゲル上で解析することが可能になるため、発現量の差異をより高精度に検出することができます。 このうちの1種類は比較する全てのサンプルの一部を入れた内部標準とし、ゲル間の変動をおさえるための泳動パターンマッチングに使用します。バイオマーカータンパク質の探索、病態解析、リン酸化シグナル伝達機構の解析など幅広い用途に使用できます。

●Luminex 200（Merck Millipore）：
蛍光マイクロビーズを用いた多項目同時測定・検出システムです。ビーズの蛍光強度からビーズを識別し、蛍光ラベルの強度から目的分子の定量・定性を行うため、少量（1ウェル分）のサンプルで最大100項目までの同時測定が可能です。
免疫・炎症関連（サイトカイン・ケモカイン）、疾患関連（代謝、心臓疾患、腎臓、肝臓、皮膚、神経、腫瘍マーカー等）、リン酸化タンパク質、その他、種々の測定項目に対応しています。

●Biacore T200（Cytiva）：
標識を使わずにリアルタイムに生体分子の相互作用をモニタリングするシステムです。 結合に伴う質量変化を検出することにより、結合/解離の速度定数（kinetics）と結合の強さ（Affinity）を算出することができます。分子間相互作用の特異性、アフィニティー、カイネティクス、濃度測定、低分子化合物相互作用等を高感度に測定できます。

● Ingenuity Pathways Analysis（QIAGEN）：
マイクロアレイを用いたトランスクリプトミクスやメタボロミクス、プロテオミクスなどの実験より得られたデータをもとにして生物学的な機能の解釈やパスウェイ解析を行うことができるソフトウェアです。また豊富な相互作用情報や分子情報がデータベース化されているのでデータが無くとも自分の興味ある遺伝子がどの様な遺伝子と関連があるのかナレッジデータベースとしても使用可能です。遺伝子、化合物、疾病、生物学的機能、パスウェイを検索し、詳細な働きやそれに関わる分子を図示することができます。